El programa de Doctorado en Ciencia del Comportamiento, Orientación Neurociencia, cubre una laguna existente en el país para la formación de recursos humanos en el área específica de las relaciones cerebro-conducta. Además, al estar orientado primordialmente a la investigación y considerando ésta como la actividad prioritaria y nuclear en la formación de investigadores, desde su creación, el programa ha contribuido a crear progresivamente una masa crítica de personal científico y académico de excelencia que ha repercutido en la calidad de los estudios y proyectos que se desarrollan en el Instituto; esto último, se corrobora con el hecho de que el programa de Maestría en Ciencia del Comportamiento ha permanecido ininterrumpidamente en el Padrón de Excelencia, desde su creación y hasta el año 2006, posteriormente se incorporó al Padrón Nacional de Posgrado con la clasificación de Alto Nivel y a partir del año 2011 como programa Consolidado. En la región occidente del país, es el único posgrado dedicado a la investigación de la relación cerebro-conducta.
Contribuir a la formación de recursos humanos de alto nivel y al desarrollo de líneas de investigación y aplicación del conocimiento, en el campo de estudio de la relación cerebro-conducta-cognición.
Para integrar la diversidad de áreas de investigación propias de las Neurociencias, se decidió de manera colegiada adoptar una sola línea de investigación que permitiera una mayor identidad y comprensión de la labor investigativa del posgrado, integrando y dando continuidad de esta manera a la maestría y el doctorado en un eje temático. Esta LGAC se denomina Cerebro, Conducta y Cognición dado que todas las áreas y proyectos específicos involucran el estudio de la relación entre el cerebro y la conducta, ya sea con humanos o con otras especies.
Con ese objetivo, la organización de los laboratorios y las doce áreas de estudio en las que los estudiantes se pueden incorporar quedan de la siguiente manera:
farmacología y conducta; neurofisiología clínica; neurofisiología de la conducta reproductiva; neuropsicología y neurolingüística; neurodesarrollo cognitivo; procesos básicos en conducta animal y humana; psicofisiología de procesos cognitivos y emocionales; psicofisiología de procesos perceptuales; plasticidad cortical y aprendizaje perceptual; estrés y neurodesarrollo; neuropsicología de las adicciones y; correlación electroencefalográfica y conducta.