El Instituto de Neurociencias fue creado en mayo de 1994, perteneciente al Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias de la Universidad de Guadalajara.

Su objetivo general es el de "promover programas interdiciplinarios de investigación y docencia en las áreas de Neuroquímica, Neurofarmacología, Psicofisiología, Desarrollo del Sistema Nervioso, Neuropsicología y Perturbaciones funcionales de la Conducta". La meta del programa es contribuir a la formación de recursos humanos de alto nivel y al desarrollo de líneas de investigación y aplicación del conocimiento, en el campo de estudio de la relación cerebro-conducta-cognición Los objetivos son:

1. Formar investigadores originales y competentes en las diversas áreas de investigación del comportamiento, en el ámbito de las relaciones Cerebro-Conducta.
2. Fortalecer los cuadros docentes y de investigación de las Instituciones de enseñanza superior y centros de investigación de la región occidente de México.
3. Coadyuvar a la descentralización de la investigación científica y a la formación de personal académico y de investigación de alto nivel.
4. Promover la investigación multidiciplinaria de la ciencia del comportamiento con disciplinas vinculadas a las áreas de conocimiento social, salud, ecología, biología, educación y otras más.

Los programas de posgrado de Maestría y de Doctorado en Ciencia del Comportamiento, orientación en Neurociencia, nacieron en septiembre de 1995 y obtuvieron su incorporación al Padrón de Excelencia desde su creación hasta el año 2006, cuando fueron incorporados al Padrón Nacional de Posgrado (PNP) con la clasificación de Alto Nivel y a partir del año 2011 como programa consolidado. En la región occidente del país, es el único posgrado dedicado a la investigación de la relación cerebro-conducta.